Braunschweig. Das Leibniz-Institut DSMZ hofft nach einer groß angelegten vergleichenden Analyse auf deutliche Fortschritte bei der Erforschung von Actinobakterien. Die Forschungsergebnisse wurden vom DSMZ-Bioinformatiker Markus Göker in Kooperation mit dem Joint Genome Institute (JGI) des US-Energieministeriums publiziert, wie das DSMZ und das JGI am heutigen Montag mitteilten. Die Analyse soll helfen, neuartige Sekundärmetabolite wie beispielsweise Antibiotika in der Bakteriengruppe der Actinobakterien zu identifizieren. Das Institut sieht in der Forschung ein "hohes Anwendungspotential".
Actinobakterien kommen in marinen und terrestrischen Umgebungen vor und spielen sowohl im Kohlenstoff- als auch im Stickstoffkreislauf eine wichtige Rolle. Sie sind in der Lage, Pflanzenmasse abzubauen - ein Prozess, der für die Herstellung von Biokraftstoffen nutzbar ist - und verbessern die Pflanzengesundheit. Sie können Krankheiten verursachen, aber auch Antibiotika produzieren. Dennoch geht das Team der Forscher davon aus, dass genomische Informationen aktuell nur für einen Bruchteil der existierenden Vielfalt bei den Actinobakterien verfügbar sind.
Publikation ergänzt bestehendes Kompendium
Die aktuelle Publikation ergänzt ein Kompendium, das im Rahmen der Initiative Genomic Encyclopedia of Bacteria and Archaea (GEBA) erstellt wurde. "Dieses Projekt hat dazu beigetragen, die aktuelle Form des mikrobiellen Stammbaums des Lebens zu definieren, indem es die genomischen Informationen für Tausende seiner Äste ergänzt hat", sagte Natalia Ivanova, Hauptautorin der Studie und Leiterin der Microbiome Annotation Group des JGI. Viele dieser mikrobiellen Genomsequenzen wurden mithilfe von Techniken erstellt, bei denen das JGI Vorarbeit geleistet hat, darunter Einzelzellgenomik und Metagenomik. De GEBA-Initiative hat auch eine Sammlung von Typstamm-Isolaten genutzt, die vom DSMZ bereitgestellt wurde.
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